精准智能化学重点实验室实行依托单位领导下的主任负责制和学术委员会咨询制，重大事项经主任办公会议集体研究讨论决策。实验室设立理论计算、精准表征、智能化学、精准合成、物性调控等五个研究部，建设有两个融合中心（精准化学数据中心、智能化学实验中心），并面向氮资源综合利用方向设立一个研究室。